2013年2月对头门岛海域进行水质、沉积物、海洋生物体质量和海域生态环境现状(浮游生物、底栖生物和潮间带生物)进行了调查研究,结果表明:水质、沉积物、生物体质量监测项目中无机氮和磷酸盐严重超标,其余项目均能满足海洋功能区划要求。浮游生物、底栖生物和潮间带生物生物种类较单一,生物多样性指数偏低。