基于RNA-seq数据的小麦条锈菌SSR标记开发

作者：刘秀峰; 许静杨; 袁文娅; 梁丹; 时晓伟

来源：河南农业科学, 2018, 47(01): 54-58.

DOI：10.15933/j.cnki.1004-3268.2018.01.010

• 小麦条锈菌
• 转录组
• SSR
• 遗传多样性

为开发小麦条锈菌基因组编码区内多态性高的SSR标记,应用MISA软件从4个小麦条锈菌分离物转录组测序数据中搜索SSR位点并设计相应引物。结果表明,在小麦条锈菌转录组2 941条unigenes中发现6 083个SSR位点,SSR发生频率为14.13%,平均每9.84 kb出现1个SSR位点。获得的SSR有144种重复基序,单核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的42.33%和39.90%。T和AAC、ATC、CAT分别是单核苷酸和三核苷酸的优势重复基序。转录组中SSR重复次数以512次为主,基序长度主要集中在1220 bp。随机合成100对SSR引物对3个小麦条锈菌分离物基因组DNA进行PCR扩增,有87对引物可以扩增出条带。总之,这些基于转录组发掘的SSR位点出现频率高、类型丰富,在小麦条锈菌群体遗传结构研究、分子标记开发等方面具有一定的应用潜力。

• 单位
  植物保护研究所