穿心莲茉莉酸甲酯及非生物胁迫下Real-time PCR内参基因的筛选

作者：李静宇; 孙铭阳; 徐世强; 梅瑜; 顾艳; 周芳; 孙伟; 王继华

来源：中国实验方剂学杂志, 2022, 28(05): 133-140.

DOI：10.13422/j.cnki.syfjx.20220313

• 穿心莲
• 内参基因
• 实时荧光定量聚合酶链式反应

目的:筛选合适的穿心莲茉莉酸甲酯(MeJA)和非生物胁迫下实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)检测的内参基因。方法:利用高温、干旱、紫外和MeJA处理的穿心莲转录组数据,挑选到7个候选内参基因肌动蛋白1(ACT1),肌动蛋白2(ACT2),转录延伸因子(EF-1α),甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH),微管蛋白(TUB),多聚泛素酶(UBQ)和18S核糖体RNA(18S),并以上述处理后的穿心莲叶片为实验材料,进行Real-time PCR验证。利用geNorm,NormFinder和BestKeeper3种内参稳定性评估软件进行分析,再利用Refinder软件进行综合分析。结果:3种软件基于不同指标进行稳定性评估,结果并不相同,综合分析得出候选内参基因在高温胁迫下表达稳定性顺序依次为UBQ>18S>EF-1α>ACT2>ACT1>GAPDH>TUB;干旱胁迫下表达稳定性顺序依次为ACT1>UBQ>EF-1α>18S>ACT2>GAPDH>TUB;UV胁迫下表达稳定性顺序依次为EF-1α>TUB>ACT2>UBQ>18S>GAPDH>ACT1;MeJA胁迫下表达稳定性顺序依次为ACT1>EF-1α>UBQ>ACT2>18S>TUB>GAPDH。其中18S基因表达丰度较高,不适合作为内参基因。结合转录组数据对4种胁迫中穿心莲内酯合成相关基因酶羟甲基戊二酰-辅酶A合成酶(HMGS)的相对表达水平验证,发现合适内参基因的Real-time PCR结果更可靠。结论:穿心莲高温、干旱、紫外和MeJA胁迫时,UBQ,ACT1和UBQ,EF-1α和TUB,ACT1和EF-1α分别为最适内参基因组合,为后期开展穿心莲高温、干旱、紫外和MeJA处理中基因的功能调控和表达研究提供了参考。

• 单位
  广东省农业科学院作物研究所; 中国中医科学院中药研究所