土坛树叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者：梁诣君; 陈秋玮; 陈苑; 陈杰^*; 王华辰^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-20.

• 土坛树
• 叶绿体基因组
• 密码子使用偏好性
• 最优密码子

土坛树(Alangium salviifolium)是中国华南地区的乡土树种， 为研究土坛树叶绿体基因组密码子使用偏好性及使用模式， 本研究对土坛树叶绿体基因组测序并组装， 使用EMBOSS和CodonW等软件对筛选出的52条蛋白编码序列进行中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和最优密码子分析。结果表明， 土坛树叶绿体基因组密码子的GC含量为GC1(47.26%)＞GC2(39.67%)＞GC3(28.51%)；32个密码子的RSCU≥1， 其中有29个以A/U结尾， 密码子的偏好结尾是A/U；ENC范围为34.12～52.90， 平均值为45.81， 36条ENC数值高于45， 说明密码子的使用偏好性相对较弱；中性绘图、ENC-plot及PR2-plot分析结果显示， 土坛树叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受自然选择的影响；筛选出高表达密码子25个， 最优密码子20个。本研究为土坛树育种和系统学研究提供理论依据。

• 单位
  广东海洋大学