HIV-1新型重组毒株近似全长基因组结构鉴定分析

作者：路新利; 刘勇; 李岩; 王莹莹; 安宁; 刘萌

来源：检验医学, 2023, 38(11): 1015-1019.

• 人类免疫缺陷病毒
• 二代重组基因
• 系统发育树
• 基因重组断点分析
• 近似全长基因组序列

目的 对3条人类免疫缺陷病毒(HIV)-1亚型不确定的近似全长基因组序列(NFLG)进行基因镶嵌结构分析。方法 用近末端稀释法、系统发育树和基因重组断点分析等方法对3例男男同性恋(MSM)HIV-1感染病例进行HIV-1 NFLG扩增、基因亚型分析和基因重组图谱分析。结果 Neighbor-joining进化树分析结果显示,3条HIV-1序列均为单独分支,可能是新型重组毒株。jpHMM在线软件和SimPlot v3.5.1软件综合分析结果显示,NFLG 110和NFLG 171分别为CRF07＿BC和CRF01＿AE,NFLG 150为CRF01＿AE和CRF07＿BC二代重组毒株。基因重组断点分析结果显示,NFLG 150的重组模式是以CRF07＿BC全长基因组为骨架,在gag区和env区分别插入了1个长度约为60和80 bp的CRF01＿AE基因片段。结论 在MSM人群中发现1株HIV-1 CRF01＿AE/CRF07＿BC二代重组毒株,建议持续监测相关性传播,特别是MSM人群HIV-1新型基因重组毒株。

• 单位
  河北省疾病预防控制中心