基于统计指标原始数据,利用灰色关联模型和主成分法分析了西南地区高校科技创新绩效。研究表明西南地区高校科技创新投入与产出具有一定的合理性,绩效与东部先发地区高校相比处于中等偏下水平。创新要素投入强度偏低,创新人才和科技投入的作用尚未得到充分发挥,还需进一步提升。在综合分析的基础上,提出了激发创新要素活力、加大投入强度、开放创新系统、做好绩效评估的对策建议。