伴或不伴海马硬化的颞叶内侧癫痫患者齿状颗粒细胞基因的差异表达分析

作者：Nicole G.Griffin; Yu Wang; Christine M.Hulette; 张颖颖; 慕洁

来源：癫痫杂志, 2018, 4(01): 72-80.

• 颞叶癫痫
• 海马
• 颞叶内侧硬化
• RNA测序

海马硬化(Hippocampal sclerosis,HS)是难治性颞叶内侧型癫痫中最常见的神经病理学改变。在研究中,分析了伴或不伴HS的颞叶内侧癫痫患者齿状颗粒细胞的基因表达谱,揭示下一代测序方法可以从小同源细胞群收集的RNA产生可解释的基因组数据以及与HS相关的转录变化。手术切除伴或不伴有HS的颞叶内侧癫痫患者的海马,并通过激光捕获显微切割技术获得手术切除海马的齿状颗粒细胞,从而提取RNA,制备并扩增互补DNA(cDNA)。对测序文库进行测序,将所得测序读数与参照基因组进行比对。差异表达分析用于确定伴或不伴HS患者之间的表达差异。结果发现,超过90%的RNA-Seq读数与参考对齐。获得的复样转录谱之间存在高度一致性。主成分分析显示,HS的存在与否是数据差异的主要决定因素。HS样本中上调的基因中,参与氧化磷酸化的基因有显著的富集。通过分析来自伴或不伴HS的颞叶内侧癫痫患者的手术切除的海马标本的齿状颗粒细胞的基因表达谱,已经证明了下一代测序方法用于从小均匀细胞群产生生物学相关结果的实用性,并提供了与该病理学变化相关的转录变化的一些见解。