基于转录组数据的铜藻微卫星标记开发与验证

作者：刘颖; 张鹏; 王铁杆^*; 张敏; 任鹏; 钟晨辉; 胡程睿

来源：上海海洋大学学报, 2019, 28(04): 542-549.

• 铜藻
• 转录组
• 微卫星标记

根据铜藻转录组测序数据来进行微卫星标记的发掘,共获得2 800个微卫星位点。二碱基重复出现的次数最多,占32.82%,其次是三碱基重复,占25.21%;在所有重复单元类型中,AC/GT出现频率最高,占9.18%;重复序列的长度则主要集中在12～20 bp,占72.79%;重复次数主要集中在5～10次,占74.14%。随机选取74对引物进行验证,最终获得18个具有多态性的微卫星标记。对31株铜藻个体进行检测和评价,共扩增得到43个等位基因,每个位点平均等位基因数为2.39,平均有效等位基因数为1.91,平均观测杂合度(Ho)为0.318,平均期望杂合度(He)为0.449,平均多态信息含量(PIC)为0.365,在18个位点中有11个显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。开发的微卫星标记为后续铜藻多样性、起源和迁移等遗传学问题研究提供了有力支撑。

• 单位
  福建省水产研究所; 浙江省海洋水产养殖研究所