《四库全书总目》为古代目录学集大成之作,但因卷帙浩繁、历久耗时等原因,《陆氏易解》《周易正义》《毛诗草木鸟兽虫鱼疏》《论语义疏》四书提要中也存在着一些阙谬。除较普遍的卷数不合问题外,《陆氏易解》之时代、《周易正义》之版本、《毛诗草木鸟兽虫鱼疏》之作者、《论语义疏》之世次爵里等处均需考辨,其中《论语义疏》提要更是保存了《总目》不同成书阶段的文本,显现了《总目》成书的动态过程。