近年来,国家对教育投入专项资金的数量和规模不断提升,财政专项资金已经构成学校资金收入的重要组成部分。因此如何加强对高校财政专项资金的管控,最大限度地提升财政专项资金的使用效益成为应当关注的重点问题。本文以专项资金为出发点,阐述目前国家财政专项资金拨款情况,在归纳总结国内学者研究成果基础上提出目前我国高校财政专项资金绩效管理存在的缺陷及困难,并提出相应的对策。