黄脊竹蝗荧光定量PCR内参基因的鉴定与筛选

作者：方林鑫; 李志红; 张守科; 张威; 舒金平^*; 王浩杰

来源：林业科学, 2022, 58(01): 70-77.

• 黄脊竹蝗
• 内参基因
• 基因筛选
• 荧光定量PCR

【目的】基于黄脊竹蝗若虫不同龄、成虫不同性别及不同组织筛选稳定表达的内参基因，为黄脊竹蝗后续转录调控研究提供参考。【方法】依据黄脊竹蝗转录组测序结果，以TUB、RPS27A、RPL10、AK、GAPDH、EF1A、RPS3、Actin和18S rRNA常用的9种昆虫内参基因作为候选，本地Blast后获得碱基序列并设计引物。利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件分析这9种内参基因的稳定性，筛选出在若虫不同龄、成虫不同性别与不同组织(触角、头、唇须、肌肉组织、精/卵巢)中表达量最为稳定的内参基因。【结果】9种候选内参基因在黄脊竹蝗体内均为首次验证并报道，且与其他昆虫相应基因同源性高(高于70%),差异值小；9种候选内参基因的引物均具有良好的扩增效率(均在90%～120%);在所有样品中，18S rRNA表达水平最高(Ct=10.78±2.58,P<0.05),Actin表达水平差异值最大(Ct=23.55±3.84,P<0.05)。黄脊竹蝗不同龄若虫的内参基因稳定性分析时，3个软件排在前2位的内参基因均为RPS3与RPL10;基于不同组织分析时，GeNorm与BestKeeper软件表明RPL10是最合适内参基因，而NormFinder软件则表明GAPDH为最合适内参基因；在黄脊竹蝗成虫不同性别分析时，3种软件评估结果均表明GAPDH和RPL10为合适内参基因。【结论】筛选出RPL10为在不同条件下于黄脊竹蝗体内表达稳定并具有差异性的基因，可作为黄脊竹蝗转录组学及功能基因组学研究的内参基因。

• 单位
  中国林业科学研究院亚热带林业研究所