支气管肺发育不良中新型miRNA-TF-mRNA共调控网络的鉴定

作者：胡诤贇; 史建伟; 张丽斐; 姚倩倩; 沈慧慧; 朱连海^*

来源：国际呼吸杂志, 2022, 42(19): 1474-1480.

• 支气管肺发育不良
• 微小核糖核酸
• 转录因子
• 信使核糖核酸
• 基因调控网络

目的筛选与新生儿支气管肺发育不良(BPD)发病相关的关键转录因子(TF)、微小核糖核酸(miRNA)和信使核糖核酸(mRNA), 并构建了调控网络。方法从高通量基因表达数据库GEO获取mRNA芯片数据集GSE108756, 筛选出的差异表达基因(DEGs)进行京都基因和基因百科全书(KEGG)、基因本体注释(GO)功能富集分析;参照HumanTFDB数据库获取与DEGs对应的TF后利用cytoHubba插件筛选出degree值前10的Hub TF;通过hTFtarget数据库找出Hub TF中7个TF所对应的靶基因;在GSE108756中获取7个TF及其靶基因所对应的探针表达量后做相关性分析, 筛选出最终纳入研究的6个Hub TF及所对应的正相关TF-mRNA关系队;利用Targetscan Human数据库获取靶向调控6个Hub TF的miRNAs, 并与miRNA芯片数据集GSE166762差异miRNAs取交集后匹配出负向调节的miRNA-TF关系队, 最后构建BPD患儿潜在miRNA-TF-mRNA调控网络, 进一步筛选出关键miRNA、mRNA。结果共筛选出201个差异表达基因, KEGG富集结果主要涉及B细胞受体信号通路、造血系统、原发免疫缺陷等作用, GO功能富集分析主要富集在B细胞增殖活化及免疫应答调节细胞表面受体等生物学过程中。与Hub TF(EBF1、TCF4、JUN、BCL11A、SPIB、E2F1)表达谱强关联的正相关下游靶基因有159个, 负相关的上游miRNA有120个。BPD患儿发病潜在的关键miRNA-TF-mRNA网络包括has-miR-217-TCF4-Pou2AF1、has-miR-150-5p-E2F1-ADM。结论本研究构建了新生儿BPD的miRNA-TF-mRNA共调控网络, 从转录调控的崭新视角为揭示BPD发病机制奠定理论基础。

• 单位
  上海市松江区九亭医院; 南京医科大学; 上海市松江区中心医院