基于RIP-Seq技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达

作者：于志君; 袁琼; 金志刚; 向梓非; 龙萍; 朱明; 杨越旺; 胡霞敏^*

来源：中国实验动物学报, 2020, 28(06): 765-772.

• 心肌素相关转录因子A
• RNA结合蛋白免疫共沉淀-高通量测序
• 脑缺血再灌注损伤
• 差异基因分析

目的应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。方法将C57BL/6小鼠随机分成假手术组及I/R组,线栓法构建MCAO模型,再灌注24 h后,提取脑组织总蛋白,利用MRTF-A抗体免疫共沉淀后,进行RNA高通量测序,获得MRTF-A结合RNA的表达谱,继而对差异RNA进行GO、KEGG分析。结果与假手术组相比,I/R组有429个RNA发生差异表达(上调203,下调226),并且在功能元件和染色体分布上均具有显著差异。GO分子功能分析显示,差异表达RNA主要富集RNA结合、Poly(A) RNA结合等注释。KEGG通路分析显示10条通路被显著富集,其中雌激素信号通路富集最显著。结论在脑I/R损伤时MRTF-A结合RNA表达谱发生差异改变,为深入探讨MRTF-A的分子机制提供理论依据。

• 单位
  上海健康医学院; 武汉科技大学