综合生物信息学探究RNA结合蛋白对肾乳头癌预后的影响

作者：陈赵; 檀飞飞; 刘同族^*

来源：现代泌尿外科杂志, 2021, 26(07): 605-614.

• 肾乳头状细胞癌
• RNA结合蛋白(RBPs)
• 生物信息学
• 预后模型

目的探究RNA结合蛋白(RBPs)在肾乳头癌(KIRP)中的作用及影响。方法从TCGA数据库下载人KIRP基因表达样本321个;从GER等的一次人类普查中收集RBPs基因1 542个。将TCGA-KIRP基因和1 542个RBPs基因进行整合,得到1 493个KIRP-RPBs基因,对其进行差异分析,最终获得392个差异基因(259个上调基因和133个下调基因)。随后我们又对这些差异基因进行了GO、KEGG富集分析,使用String检测蛋白网络关系互作并通过cytoscape软件进行了可视化处理。同时对差异基因进行单因素Cox分析得出与预后相关的RBPs,再进行多因素Cox分析筛选出与独立预后相关的4个RBPs基因,建立预后模型。对预后模型进行生存分析、构建风险曲线、绘制受试者工作特征曲线(ROC)验证其准确性。结果单因素Cox分析得出22个预后相关的基因;多因素Cox分析得出4个独立预后RBPs基因。预后模型生存分析表明,高风险的患者其5年生存率要远低于低风险的患者;风险曲线表明,评分越高的患者生存率越低;ROC曲线表明本预后模型具有一定的敏感性和价值。结论通过一系列的生物信息学方法,研究发现了PIWIL1、DALRD3、DNMT3B、TERT这4个RBPs基因与KIRP的预后相关,首次建立的KIRP-RBPs基因的预后模型具有很高的预测价值,可以给KIRP的临床诊治工作提供一定的理论指导。

• 单位
  武汉大学中南医院; 武汉大学人民医院