大鼠Pten和Runx3基因5'端非编码区序列的生物信息学分析

作者：安静; 杨晋翔; 贺梅娟; 彭继升; 魏玥; 贾雪晴

来源：山东医药, 2014, 54(12): 10-13.

• 生物信息分析
• Runx3
• Pten
• 5’端非编码区
• 大鼠

目的分析大鼠Pten和Runx3基因5’端非编码区(5’-UTR)序列的CpG岛、启动子及其转录因子结合位点。方法通过NCBI获得大鼠Pten和Runx3基因全长序列及转录本,采用Blast中的可读框比对外显子、内显子及上游5’-UTR信息,所获得ATG上游2 kb、下游1 kb序列分别应用CpG island searcher软件、CpGPlot工具、Methprimer2.0工具预测CpG岛,NNPP工具、Promoter scan工具、FirstEF工具预测启动子,Matlspector、Match、Consite预测启动子区域转录结合位点。结果大鼠Pten基因和Runx3基因属于CpG岛关联基因,启动子可能分别位于-1 253-684 bp和-690-121 bp,Pten和Runx3基因在109和94种转录因子结合位点中,被≥2种软件共同预测有结合位点的转录因子分别有6和9种。结论初步获得大鼠Pten和Runx3基因5’-UTR序列的生物学信息,为进一步基因调控甲基化实验验证奠定了基础。

• 单位
  北京中医药大学第三附属医院; 北京中医药大学; 中华中医药学会