心肌梗死小鼠心肌组织的m6A甲基化分析

作者：张淑晨; 赵小亚; 陈丽莉; 周祥^*

来源：中华心血管病杂志, 2023, 51(11).

• 心肌梗死
• RNA甲基化修饰
• RNA甲基化测序

目的发现心肌梗死(MI)小鼠心肌组织中N6-腺苷酸甲基化(m6A)差异修饰的基因并探讨其在MI中可能参与的病理过程。方法取8～10周龄的SPF级C57BL/6J雄性小鼠18只, 按照随机数字表法将其分为MI组(n=9)和对照组(n=9)。应用RNA甲基化测序(MeRIP-seq)检测2组小鼠心肌组织的m6A修饰基因, 通过生物信息学分析如主成分分析和GO富集分析探索MI小鼠心肌组织RNA甲基化修饰的特征并进行表达量、m6A修饰水平的验证及其功能预测。结果聚类热图分析显示相比于对照组, MI组m6A修饰水平上调和下调的基因分别有537个和364个。主成分分析显示对照组和MI组的m6A修饰差异可显著区分。m6A修饰的特征性序列为GGACU且主要集中在蛋白质编码区。RNA-seq和MeRIP-seq联合分析显示发生差异m6A修饰同时伴随mRNA差异表达的基因有119个。韦恩图显示不同基因m6A修饰差异和mRNA表达差异。GO富集分析显示MI组中发生m6A差异修饰的基因主要参与心脏发育等过程。qPCR验证得知Gbp6水平上升、Dnaja1和Dnajb1水平下降, MeRIP-qPCR验证可知Hspa1b的m6A修饰水平下调。结论 MI小鼠心肌组织中存在m6A差异修饰, 发生m6A差异修饰的基因可能受甲基化相关酶的影响, 进而通过调控凋亡和炎症影响心肌梗死的发生发展。

• 单位
  苏州大学附属第二医院