贵州白山羊PRDM16基因变异及生物信息学分析

作者：陈敏; 黄明捷; 刘霜云; 盘祖香; 刘江静; 游敏芳

来源：农业与技术, 2023, 43(08): 77-81.

DOI：10.19754/j.nyyjs.20230430019

• 白山羊
• PRDM16基因
• 分子特征
• 生物信息学

为探究贵州白山羊PRDM16基因的分子特征及编码蛋白的结构特征。本研究以贵州不同类群贵州白山羊为研究对象，采集128份血液并提取DNA。根据NCBI中GengBank的山羊PRDM16基因序列(登录号：NC＿030823),应用Premier 5.0软件设计特异性引物，用PCR技术进行混合测序检测基因多态性，利用相关生物信息学分析软件预测分析PRDM16基因的理化性质、疏水性、跨膜结构、亚细胞定位、信号肽、结构域、磷酸化位点、编码蛋白的二级和三级结构、系统进化树构建及蛋白互作信息。结果表明，PRDM16基因序列中存在g.342 G/A突变，生物信息学分析发现PRDM16基因CDS区全长3814bp,共编码1271个氨基酸，分子式为C6133H9545N1717O1904S57,原子总数为19356个，相对分子质量为139624.04kU,带负电荷的残基总数为172个，带正电荷的残基总数为143个，不稳定指数为58.72,理论等电点(PI)为5.93,为酸性不稳定蛋白，亲水性平均值(GRAVY)为-0.671,脂肪族指数为62.77,估计半衰期为30h,总体表现亲水性，没有跨膜结构及信号肽区域，二级、三级结构多为无规则卷曲，含141个磷酸化位点(酪氨酸19个，苏氨酸39个，丝氨酸83个)。同源分析中可知，山羊与牛序列最为相近。其编码蛋白与KDM1A、ZNF516和PPARG等蛋白相互作用性最好。研究通过分析贵州白山羊PRDM16基因分子特征及生物信息，以期为山羊的繁育及其生长性状的分子遗传学提供一定的理论依据。