基于KEGG通路和基因互作网络对充血性心力衰竭相关基因的筛选

作者：姜洋; 马彩艳; 郑菊萍; 许琳; 盛洋

来源：中国现代应用药学, 2019, 36(09): 1059-1066.

DOI：10.13748/j.cnki.issn1007-7693.2019.09.006

• 充血性心力衰竭
• 基因互作网络
• KEGG通路
• 药物靶点

目的筛选与充血性心力衰竭(congestive heart failure,CHF)相关的药物靶点基因,利用DAVID通路数据库和基因互作网络分析目标基因的分布和功能,促进CHF的研究和新药的开发。方法以"congestive heart failure"检索NCBI基因数据库,提取CHF相关基因数据,采用DAVID分析工具提取基因富集的通路数据。对40个非冗余基因所显著富集的11条KEGG通路进行了分析,同时对富集通路中的基因同HPRD人类蛋白互作网络进行匹配,建立通路中关键基因的互作网络。并对所建立的相关子网进行比较,筛选和CHF相关的药物靶点基因。结果 MMP9、LMNA、DMD、EMD、AGTR1、EDNRB、NOS3和TNF等21个CHF相关基因需要完善研究,LMNA、MMP9和AR3个基因可能是CHF治疗药物间接作用的重要靶点。结论 CHF发病与cGMP-PKG信号通路、钙离子信号通路、扩张型心肌病、肥厚型心肌病等多个通路相关。MMP9、LMNA、DMD、EMD、AGTR1、EDNRB、NOS3和TNF等21个CHF相关基因在病理和治疗中都占有重要的地位。通过分析疾病相关基因的代谢通路和互作网络,有助于了解疾病的分子基础,并为新药研发提供可借鉴的思路。

• 单位
  浙江省立同德医院