阔叶猕猴桃叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

作者：王宇; 周俊良^*; 唐冬梅; 仲伟敏; 马玉华; 张敏

来源：种子, 2020, 39(05): 13-19.

DOI：10.16590/j.cnki.1001-4705.2020.05.013

• 阔叶猕猴桃
• 叶绿体基因组
• 聚类分析
• 密码子偏好性

从NCBI中下载阔叶猕猴桃全基因组数据,从中筛选出叶绿体基因组数据后,完成叶绿体基因组拼接组装,并对其进行叶绿体基因组SSR分析、聚类分析及密码子偏好性分析。注释结果显示,阔叶猕猴桃叶绿体基因组全长155 964 bp,平均GC含量37.30%,SSC、 LSC和IR区长度分别为20 496 bp、88 564 bp和23 452 bp;注释得到117种功能基因,其中包括83种蛋白质编码基因,4种核糖体rRNA基因和30种tRNA基因。SSR分析结果共发现36个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复单元数目分别为34、1和1,且大部分都偏向于A/T碱基组成。聚类分析表明,阔叶猕猴桃与其他品种遗传距离较远,被单独聚为一支。密码子偏好性分析显示,阔叶猕猴桃叶绿体基因组密码子使用模式主要受到自然选择和突变2个因素的影响,最优密码子多以A或T碱基结尾。

• 单位
  贵州省农业科学院