广州相思子全长转录组测序及分析

作者：秦双双; 韦坤华; 梁莹; 韦范; 黄燕芬; 唐美琼^*; 缪剑华^*

来源：中国现代中药, 2023, 25(07): 1407-1416.

DOI：10.13313/j.issn.1673-4890.20221109010

• 广州相思子
• 全长转录组
• 功能注释
• 基因结构

目的：获得广州相思子Abrus pulchellus subsp. cantoniensis (Hance)Verdc.全长转录本。方法：利用PacBio Sequel测序平台，通过对广州相思子的根、茎、叶3个部位混合样品开展三代全长转录组测序，并对测序数据进行生物信息学分析。结果：共获得原始测序数据14.55 Gb，最终获得转录本序列172 829条，N50长度为1572 nt，鸟嘌呤和胞嘧啶（GC）占比为40.86%。基因注释中，共有158 888 (91.93%)个转录本被成功注释；基因本体（GO）数据库注释中，102 457个（59.28%）转录本分为生物学过程、细胞组成和分子功能三大类46个功能组；真核生物相邻类的聚簇（KOG）数据库注释中，一般功能预测的转录本最多，为22 461个；信号转导机制、翻译后修饰、蛋白反转和分子伴侣亦为其主要功能途径；京都基因与基因组百科全书（KEGG）注释到转录本有99 847个，其中参与广州相思子生物合成和其他次生代谢有4530个。基因结构分析中，共得到92 344条编码序列，4800个转录因子隶属于59个转录因子家族。此外，简单序列重复（SSR）标记分析表明，40 050处SSR位点中单碱基重复的SSR数目最多，其次是包含腺嘌呤（A） G/C胸腺嘧啶（T）的二碱基重复SSR。结论：获得的广州相思子全长转录组数据可为后续基因功能、代谢通路调控及分子标记开发等研究提供数据支撑。

• 单位
  广西科技大学; 广西壮族自治区药用植物园