基于加权基因共表达网络分析挖掘舌鳞状细胞癌的关键基因

作者：李天客^*; 张影; 张素欣; 陈中; 包阳; 张冠华

来源：口腔医学研究, 2020, 36(05): 423-427.

DOI：10.13701/j.cnki.kqyxyj.2020.05.006

• WGCNA
• 舌鳞状细胞癌
• 发病机制
• hub基因

目的:舌鳞状细胞癌(TSCC)是头颈部最常见的恶性肿瘤之一,其分子机制尚不清楚。挖掘与舌鳞状细胞癌(TSCC)密切相关的hub基因,为揭示TSCC发病机制提供理论依据。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载GSE34105数据,通过WGCNA筛选关键模块,Cytoscape计算模块网络中节点的拓扑参数筛选hub基因,生存分析用于hub基因的外部验证,通过GO和KEGG富集分析和GSEA分析获取hub基因参与的生物过程。结果:获得与TSCC最密切相关的turquoise模块(Cor=0.88,P<0.05)。cytoscape筛选获得2个hub基因分别为CAP1和TMBIM6,是预后的不良因素,它们的高表达与患者生存期缩短显著相关(P<0.05)。GSEA分析它们高表达组主要参与了半胱氨酸和蛋氨酸代谢、霍乱弧菌感染、氧化磷酸化、DNA复制、基底切除修复、细胞减数分裂、蛋白质生成、果糖和甘露糖代谢、幽门螺杆菌感染中的上皮细胞信号转导。结论:本研究通过构建基因共表达网络筛选出2个hub基因,可能成为潜在的TSCC基因基因生物标志物,影响TSCC的发生及预后。

• 单位
  河北医科大学第四医院; 石家庄市第三医院