基于转录组测序的奶牛泌乳初期与干奶期肝脏差异表达基因分析

作者：李茜; 李妍; 高艳霞; 孙东晓^*; ***^*

来源：中国兽医学报, 2019, 39(12): 2458-2466.

DOI：10.16303/j.cnki.1005-4545.2019.12.30

• 中国荷斯坦牛
• 转录组
• 高通量RNA测序
• 差异表达基因
• 代谢通路
• 肝脏

旨在通过对奶牛干奶期和泌乳初期肝脏组织进行转录组测序和生物信息学分析,探明其不同生理阶段的差异表达基因和差异代谢通路。选取305 d产奶量接近、干奶天数一致、怀孕天数接近的中国荷斯坦奶牛3头,分别在干奶期(产前50 d)和泌乳初期(产后15 d)活体采集肝脏组织,利用Illumina HiseqTM2500高通量RNA-seq测序技术对干奶期和泌乳初期肝脏RNA测序,使用TopHat2软件将测序得到的reads序列与牛(UMD3.1.66)参考基因组序列比对,在GO和KEGG数据库中进行聚类分析和富集分析。结果显示,泌乳初期和干奶期肝脏中差异表达基因共有409个,与干奶期相比,泌乳初期表达上调的基因有235个,下调的基因有174个。GO功能分类注释到生物学过程、细胞组成和分子功能数据库中的GO条目分别有63,41,15条。注释到KEGG的显著富集通路有21条(P<0.05)。该研究结果为挖掘奶牛产奶性状的候选基因提供了技术依据。

• 单位
  河北农业大学; 河北省畜牧兽医研究所; 中国农业大学; 动物科技学院