生物信息学分析PDGFRB在胃癌中的表达及其临床意义

作者：苏旭; 史维俊; 王静; 吴华彰^*

来源：牡丹江医学院学报, 2021, 42(03): 37-42.

DOI：10.13799/j.cnki.mdjyxyxb.2021.03.010

• 胃癌
• 生物信息学分析
• PDGFRB
• 预后
• Wnt信号通路

目的应用生物信息学方法分析筛选胃癌患者差异表达基因,探讨其在胃癌发生发展及预后中的临床价值及意义。方法在癌症基因组图谱(The cancer Genome Atlas, TCGA)数据库中下载胃癌基因表达相关的数据,利用Perl构建基因表达矩阵并提取患者临床病理信息;利用R语言中的edgeR程序包筛选表达差异基因;UALCAN在线网站进行基因差异表达、临床病理信息及生存分析。采用Cox回归及Kaplan-Meier Plotter在线分析目的基因与胃癌患者预后的相关性。最后,利用基因集富集分析(gene-set enrichment analysis, GSEA)对靶基因进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析,探讨其参与胃癌发生发展的信号通路及可能分子机制。结果通过对TCGA数据库的数据分析获得2676个差异化表达基因;UALCAN在线网站分析差异化基因,显示PDGFRB基因在胃癌组织中显著高表达,且与胃癌患者的临床病理及不良预后显著相关(P<0.01);生存分析提示PDGFRB基因高表达时,胃癌患者的预后相对较差;STRING在线网站和GSEA软件分析表明,PDGFRB基因可能通过调控Wnt信号通路来影响胃癌的发生发展。结论 PDGFRB基因可作为胃癌独立的预后基因,可能通过调控Wnt信号通路影响胃癌的发生发展,并有望成为治疗胃癌的新的诊断标记和潜在治疗靶标。

• 单位
  蚌埠医学院; 生命科学学院; 蚌埠医学院第一附属医院