清代伊犁惠远城普化寺的前身为清代阿桂建于绥定城的"兴教寺",随着清政府进一步加强对新疆的经营,在伊犁设立伊犁将军修建惠远城后,兴教寺也随之迁往惠远城,并被赐名为"普化寺",成为当时清政府在伊犁驻防八旗各寺庙的总庙,其辉煌一度胜过在准噶尔时期修建于伊犁的固尔札庙和海努克庙。后因长期遭受伊犁河水的侵蚀,普化寺几经修葺改址,终于在清同治年间毁于农民暴动的战火之中。普化寺在伊犁地区的兴衰也折射出藏传佛教在伊犁地区发展的缩影。