医学生因不服医学院校的学籍管理规定而状告学校侵犯其受教育权的案件时有发生,出现学生不满意、学校也无奈的尴尬局面。医学院校学籍管理权与医学生受教育权之间究竟是什么关系,值得探讨和研究。本文在揭示双方冲突原因的基础上,提出医学院校学籍管理自主权与学生受教育权有效协调的路径,主张按照行政程序作出决定,制定部门规章以及完善纠纷解决机制,可以缓解或消除医学院校学籍管理自主权与学生受教育权的冲突。