锡金海棠叶绿体基因组结构及密码子偏好性分析

作者：陈玲慧; 王慧; 刘岩; 钱关泽^*

来源：聊城大学学报(自然科学版), 2022, 35(06): 96-103.

DOI：10.19728/j.issn1672-6634.2022040017

• 锡金海棠
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性

为研究锡金海棠叶绿体基因组结构、明确其叶绿体基因组密码子使用模式，通过NOVOPlasty、geneious和codonW等软件，组装出锡金海棠叶绿体基因组，在注释后分析叶绿体基因组结构，并筛选出53条蛋白编码序列(CDS)用于密码子偏好性分析。结果表明，锡金海棠叶绿体基因组全长160 088 bp, GC含量为36.6%;不同碱基位置GC含量分别为GC1(46.98%)>GC2(39.46%)>GC3(28.30%),表明其密码子末位碱基偏向以A/U结尾；中性图分析表明GC12与GC3未有明显相关性，即密码子第1、2位碱基与第3位碱基存在一定差异；根据ENC-plot和PR2-plot分析，影响密码子偏好性的主要因素是自然选择；最后确定UUG、CUU和AUU等14个密码子为锡金海棠叶绿体基因组的最优密码子。研究结果对今后研究锡金海棠亲缘关系、系统发育、物种鉴定提供了数据支持，对优化目标基因、种源的鉴定及异源表达基因的改造和系统发育分析提供了理论依据。

• 单位
  聊城大学; 生命科学学院