充足的经费是学校赖以生存的基础。与国立大学和私立大学不同,教会大学作为我国高等教育体系中特殊组成部分,在1927年注册立案之前,政府不给予拨款,教会大学经费来源有差会拨款、学费、社会团体及个人捐助、学校自办收入等。在不同的历史时期,教会大学经费来源不同,并表现出筹措方式多样、经费来源转向中国化、与社会变迁紧密相连等特点。