南欧大戟叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者：余涛; 蒲芬; 管芹; 范敏^*

来源：江苏农业科学, 2023, 51(15): 35-41.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2023.15.006

• 南欧大戟
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性
• 最优密码子

为了揭示南欧大戟叶绿体基因组密码子使用偏性及形成原因，以南欧大戟叶绿体基因组中长度大于300 bp的非重复蛋白质编码序列为研究对象，利用Codon W 1.4.1、CUSP在线程序等生物信息学分析工具对其密码子偏性及使用模式进行分析。结果表明，南欧大戟叶绿体基因组密码子中相对同义密码子使用度>1的有31个，其中以A/U结尾的占71%,表明其偏好使用以A/U结尾的密码子；有效密码子数均值为46.74,说明密码子使用的偏好性较弱；GC1与GC2呈极显著相关，GC3与GC2、GC1无显著相关性，表明密码子第3位碱基与其他位置碱基的组成有差异；此外，ENC与GC3呈极显著相关，说明密码子末尾碱基组成在一定程度上会影响密码子使用偏好性。ENC-plot绘图分析、中性绘图分析、PR2-plot偏倚分析结果表明，影响南欧大戟叶绿体基因组同义密码子使用偏性的主要因素是自然选择，但同时也受到突变压力等其他因素的影响；通过建库分析，筛选出GAU、AUA、UUG等14个最优密码子。研究结果可为开展目的基因优化、物种改良和系统进化分析等研究提供科学参考。

• 单位
  大理大学