姜黄基因组密码子偏好性分析

作者：杨杰; 唐国梁; 欧阳仁泽; 赵佳伟; 刘珊珊; 刘俊林; 张丽娟^*

来源：特产研究, 2023, 1-10.

DOI：10.16720/j.cnki.tcyj.2023.179

• 姜黄
• 基因组
• 密码子偏好性
• 最优密码子

本文为探究姜黄（Curcuma longa L.）基因组密码子的偏好性使用模式。本研究通过CodonW1.4.4和Python程序对NCBI中下载的姜黄基因组68 447条编码序列进行分析，利用中性绘图、ENC-plot、PR2-plot进行姜黄密码子偏好性分析，并对姜黄及其他6种生物密码子的偏好性进行比较。结果显示，姜黄基因组密码子不同位置上的GC含量表现为GC1（53.77%）> GC3（53.76%）> GC2（42.87%），其中，RSCU >1 的33个密码子以C或G结尾的有17个，表明姜黄基因组密码子末位碱基较偏好使用C/G；自然选择和突变压力是影响姜黄基因组密码子偏好性的主要因素。不同物种密码子偏好性比较发现姜黄密码子偏好性与洋葱差异最小。该研究结果不仅为姜黄基因组学的研究提供理论基础，也为姜黄的异源基因表达及应用提供指导。

• 单位
  西北民族大学