基于RAD-seq简化基因组测序的西藏黄牛遗传多样性研究

作者：邓兵; 晋美旺杰; 任增帮; 次旦欧珠; 达瓦罗布; 杨锐; 陈仕毅; 邝良德^*

来源：江苏农业科学, 2021, 49(16): 153-157.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2021.16.028

• 西藏黄牛
• 遗传多样性
• 简化基因组测序

为在基因组水平研究西藏黄牛的遗传多样性,并通过选择信号分析发掘重要种质特性基因,利用RAD-seq简化基因组测序鉴定拉萨黄牛、阿沛甲咂牛、日喀则驼峰牛和樟木黄牛的SNP标记,计算群体遗传结构和遗传进化,鉴定基因组受选择区域和受选择基因。结果表明,共鉴定出1 355 274个SNP标记。阿沛甲咂牛和樟木黄牛遗传多样性最为丰富,观察杂合度分别为0.185 6、0.164 4,核苷酸多样性分别为0.202 2、0.202 6,拉萨黄牛和日喀则驼峰牛的遗传多样性相对低些。近交系数最高的为阿沛甲咂牛,而日喀则驼峰牛的近交系数最低。拉萨黄牛与日喀则驼峰牛之间的遗传分化系数最高(0.092 7),而樟木黄牛和阿沛甲咂牛之间的遗传分化系数最低(-0.001 1)。聚类分析结果表明,日喀则驼峰牛和阿沛甲咂牛之间的亲缘关系最近,而与樟木黄牛的亲缘关系最远。通过选择信号分析,在西藏黄牛群体中检测出22个基因组区域受到选择,包含96个受选择基因。GO富集分析表明,这些受选择基因显著富集在心血管系统发育、炎症反应、细胞间连接、染色质结合等生物学通路。本研究从基因组水平揭示西藏黄牛的种质特性,为进一步开展西藏黄牛种质资源保护及利用提供了重要理论依据。

• 单位
  四川农业大学; 四川省畜牧科学研究院