基于蛋白质互作网络挖掘结直肠癌致病基因

作者：吴慧慧; 唐旭清^*

来源：数据采集与处理, 2018, 33(04): 654-661.

DOI：10.16337/j.1004-9037.2018.04.010

• 结直肠癌
• 蛋白互作网络
• 聚类分析
• 网络拓扑分析
• 功能富集分析

结直肠癌是消化系统常见的恶性肿瘤之一,死亡率居发达国家恶性肿瘤死亡率的第3位。本文通过生物分析进行结直肠癌致病基因的识别。首先,基于GEO中GSE9348基因表达数据集,利用R语言的LIMMA包筛选出P<0.05,Fold change>2的结直肠癌差异基因339个;其次,基于OMIM数据库中已知结直肠癌的致病基因和STRING数据库,获得差异表达基因与致病基因的蛋白质互作网络;接着利用Cytoscape软件的ClusterONE插件进行蛋白质互作网络模块分析,获得一个含有53个基因的子网络;最后,通过对子网络的拓扑分析,获得了FOS、CCND1、CEBPB、EGR1和NOS3等5个新结直肠癌致病基因。同时,通过功能富集分析和文献挖掘对新发现的致病基因进行验证。

• 单位
  江南大学