基于生信分析对基底细胞癌核心基因的筛选及其相关通路的研究

作者：齐立斌; 于扬; 高阳; 董祥林^*

来源：新疆医学, 2023, 53(05): 528-532.

• 基底细胞癌
• 基因芯片
• 生物信息学
• 核心基因

目的 通过生信分析筛选基底细胞癌的核心基因，探索疾病治疗的新靶点。方法 在基因表达综合数据库（Gene expression omnibus database,GEO）中下载基底细胞癌相关基因芯片，筛选出GSE6520、GSE7553、GSE103439三个数据集。应用GEO2R分析软件筛选基底细胞癌和癌旁组织样本间的差异表达基因。利用DAVID进行GO功能及KEGG通路可视化富集分析。应用STRING分析基因的蛋白交互作用。Cytoscape (Version 3.7.2)软件构建蛋白质-蛋白质互作网络，MCODE插件对蛋白互作网络进行枢纽基因的分析与筛选。MCODE插件筛选出核心基因。结果 共筛选出参与基底细胞癌发生和进展的102个相同趋势的差异表达基因，筛选并验证出6个核心基因，包括ANXA1、CALD1、CASQ2、CHST2、FZD2、FZD7。这些核心基因主要参与了生物过程、细胞成分、分子功能的调节；生物过程包括对有机物质的反应，细胞对化学刺激的反应，细胞通信的调整，信号调节等；细胞成分分析提示差异基因主要集中在细胞外基质、胞质、细胞外囊泡、外泌体中；分子功能分析提示阴离子结合、碳水化合物衍生结合、相同蛋白结合、酶结合等。KEGG分析差异表达基因主要集中在WNT信号通路、黑色素生成通路等多个方面。结论 基于生物信息学分析初步筛选得到了基底细胞癌中的差异基因，了解其分子机制及在基底细胞癌发病机制和发生、进展过程中的作用。为进一步研究基底细胞癌的诊断及治疗提供方向。

• 单位
  新疆医科大学第一附属医院