美丽乡村建设是当前我国重要战略目标,产业结构高度化是经济高质量发展的重要体现。推动农村绿色产业升级是推动美丽乡村建设和农村产业结构高度化的关键。文章基于环境规制理论和现代创新理论,结合国内外专家观点提出假设并构建模型,运用面板数据分析了我国农村地区水环境治理和自主创新对产业结构的高度化作用,探究了水环境治理下农村绿色产业升级的机理,检验了农村绿色产业结构高度化影响因素,并根据研究结果提出了相关建议。