黄瓜CsamiR156a及其靶基因CsSPLs的生物信息学分析

作者：李尧尧; 常怀成; 周海霞; 吴小波; 李庆飞; 袁敬平; 李芳霞; 孙涌栋^*

来源：分子植物育种, 2021, 19(07): 2169-2176.

DOI：10.13271/j.mpb.019.002169

• 黄瓜(Cucumis sativus)
• 果实膨大
• miR156a
• SPLs
• 生物信息学分析

miR156是植物中广泛存在的一类miRNA,在逆境胁迫和植物生长发育过程中发挥了重要作用。为了深入研究CsamiR156a在黄瓜果实膨大中的功能,本研究采用生物信息学方法对CsamiR156a及其靶基因Cs SPLs (SQUAMOSA promoter-binding protein-like)进行分析。结果表明,CsamiR156a前体序列具有完整的茎环结构,成熟序列高度保守。CsamiR156a有11条靶基因,编码8个不同的CsSPLs蛋白序列。8个CsSPLs蛋白均属不稳定蛋白,多数为碱性蛋白、亲水性蛋白。二级结构均为混合型,无信号肽和跨膜结构,均为可溶性蛋白。8个CsSPLs蛋白大部分都含有糖基化位点,有17～83个不等的磷酸化位点,均定位于细胞核。系统进化树表明,黄瓜CsSPLs蛋白与甜瓜、中国南瓜和印度南瓜等物种SPLs蛋白遗传距离较近;蛋白序列分析发现,各物种SPLs蛋白均含有SBP (Squamosa promoter binding protein)功能结构域,且其位置和数量大体相同,说明SPLs蛋白功能保守。据此推测,CsamiR156a通过靶向调控Cs SPLs基因表达参与了黄瓜果实膨大。该研究结果为今后深入研究黄瓜果实膨大的分子机理提供了一定的科学依据。

• 单位
  郑州市蔬菜研究所; 河南科技学院