基于混合策略的de novo序列拼接算法构造

作者：肖存威; 石海鹤^*; 王岚; 程柏良

来源：江西师范大学学报(自然科学版), 2022, 46(03): 300-307.

DOI：10.16357/j.cnki.issn1000-5862.2022.03.13

• de novo序列拼接
• 混合策略
• 领域特征建模
• 产生式编程
• 形式化方法

在对3种de novo(从头)序列拼接的基本策略进行分析的基础上，该文研究了混合策略序列拼接算法的构造过程，从而整合多个单一策略优点；再利用形式化方法和形式化平台方面的优势，结合领域分析建模和产生式编程的方法，构造了2个基于OLC策略的算法(OLC＿assembly＿1,OLC＿assembly＿2)及1个基于DBG策略的算法(DBG＿assembly),进一步组装出在(OLC+DBG)→OLC混合模式下的算法(简称ODO算法);最后，从GenBank中选取了3个实验样本，从N50、Contigs number、Coverage等角度，比较了在3个单一策略下的算法和ODO构造算法的拼接结果，分析了coverage depth和k值的变化对拼接结果的影响.实验结果表明：该文实现的ODO算法比单一策略在序列拼接时所产生的结果在N50和Coverage等参数上均有一定的优势.

• 单位
  江西师范大学