棕尾别麻蝇蛹3个发育时期的转录组差异分析

作者：周昊; 王启燕; 张红玲; 任峥; 戴佳琳; 刘玉波; 王杰; 黄江

来源：中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2017, 35(03): 274-279.

• 棕尾别麻蝇
• 蛹
• 转录组
• 基因差异表达

目的探讨棕尾别麻蝇(Boettcherisca peregrine)蛹3个时期转录组的差异表达,为进一步探究棕尾别麻蝇蛹各个时期转录组变化提供实验数据。方法提取棕尾别麻蝇蛹3个时期第1(MY1)、5(MY2)和10天(MY3)的蝇蛹总RNA,反转录成c DNA,并进行测序,使用软件edge R对基因差异表达进行分析,对差异基因进行GO分类统计和富集分析;对已被注释的基因单基因簇(Unigene)进行KEGG代谢通路分析;使用MISA对Unigene进行简单重复序列(SSR)检测。结果蝇蛹3个时期c DNA经基因差异表达分析,得到各时期样品基因组表达水平,共捕获38 727条Unigenes,将不同时期的蝇蛹转录组进行两两比较,其差异表达基因数介于1 2632 430,差异基因总数为5 283。聚类图型得到MY1、MY2和MY3组的两个样品表达模式相似,聚为一支。棕尾别麻蝇蛹转录组共有8 856个Unigenes被注释,被注释到的代谢通路有336个。SSR查找发现,从8 645个Unigenes中共查找到12 146个SSR位点,占Unigene总数的22.3%。其中,单核苷酸重复所占比例最高,达到69.2%,其次是三核苷酸重复(21.0%)。SSR不同重复基元类型中,出现频率最高的为A/T,其次是AAC/GTT、AG/GT。结论棕尾别麻蝇蛹在不同时期基因表达有显著差异。

• 单位
  贵州医科大学