中国—东盟自由贸易区的税收协调对于消除区域税收障碍与合理分配区域内各国间的税收利益有重要作用。文章在总结税收协调经济效应基本理论的基础上,对中国—东盟自由贸易区税收结构进行比较,提出区域税收协调的基本步骤。运用OSL回归模型,模拟研究了中国—东盟自由贸易区税收协调的资源配置效应、税收协调的收入效应和替代效应,并结合欧盟税收协调经验及启示,从中国—东盟自贸区各方应遵循的税收协调原则、法律保障、建立合理明确的税收协调目标三方面探索了未来自贸区税收协调合作的方向。