阪崎肠杆菌具有产生黄色素、α-葡萄糖苷酶阳性、吐温80酯酶阳性等特征,说明其具有分类学特异性。随着分子生物技术的应用,阪崎肠杆菌分类地位由早期的黄色阴沟肠杆菌演变为独立的阪崎肠杆菌种,而近期Iversen C等学者又提议建立一个新属阪崎肠杆菌。