人胸腺基质发育及退化的单细胞转录组分析

作者：李雨晨; 白丽莲; 黄荷凤; 刘欣梅^*

来源：上海交通大学学报 (医学版), 2021, 41(07): 865-875.

DOI：10.3969/j.issn.1674-8115.2021.07.004

• 胸腺基质细胞
• 发育
• 阴性选择
• 单细胞RNA测序
• 基因表达

目的·探索人类胸腺基质细胞在不同发育阶段的转录动态。方法·利用人类胸腺单细胞转录组数据E-MATB-8581,借助蛋白质相互作用数据库分析不同类型胸腺基质细胞在胚胎期、婴儿期和成人期的分群特点,并计算基因表达差异,结合富集分析推测它们功能变化。结果·相比于树突状细胞,胸腺上皮细胞(thymic epithelial cell,TEC)、内皮细胞(endothelial cell,Endo)和成纤维细胞(fibroblast,Fb)由不同发育阶段造成的基因表达差异更为显著。Ⅰ型髓质TEC (medullary TEC,mTEC)细胞在成年期的抗原提呈功能下降,主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC)Ⅱ类分子表达下调。在出生后的胸腺中,Fb逐渐富集参与T细胞抗原识别、分化和激活的功能。在胚胎期和婴儿期,Endo上调表达的基因主要富集与细胞外基质等相关的通路,而出生后则富集抗原提呈相关通路,并上调2类MHC分子的表达。结论·生物信息学方法揭示了mTEC、Fb和Endo是易受胸腺发育和退化影响的细胞类型。人类胸腺生理性退化可能主要影响T细胞分化中的阴性选择。

• 单位
  上海交通大学