院科两级综合目标考核是公立医院改革的重点任务目标之一。福建省立医院院科两级综合目标考核得以有效持续地实施离不开其完整的档案资料,院科两级综合目标考核档案有利提高医院工作效率,规范医院行政管理,建立和谐的医患关系,对持续改善医疗服务质量,保障医疗安全起到积极作用。本文对院科两级综合目标管理考核的档案内容、档案系统的建立以及应用进行研究分析,引导医院在医疗、科研教学及行政管理等方面全面发展。