基于流式细胞术和基因组Survey测定牛膝基因组大小

作者：刘亚洲; 贾海凤; 刘叶; 曾春丽; 吴林坤; 方长旬; 林文雄

来源：分子植物育种, 2022, 1-12.

• 牛膝
• 流式细胞术
• 全基因组Survey分析
• 基因组大小

牛膝(Achyranthes bidentata Blume)是中国传统的中药材，主要用于强筋骨补肝肾等。牛膝主产区是河南焦作，具有较高的药用价值和经济价值。牛膝还具有耐连作特性，推测与基因组中的基因簇合成特有的代谢分泌物有关；分析牛膝的基因组大小和特征等信息，可为牛膝全基因组测序与基因簇解析提供参考依据。该研究采用流式细胞技术和二代高通量技术进行全基因组Survey分析。流式细胞术估算牛膝基因组大小约为1.23 Gb。根据高通量测序，获得了76.26 Gb的基因组数据，总测序深度约为59.46×。K-mer分析结果估算牛膝的基因组大小约为1.22 Gb，重复序列比例为54.70%，杂合度为0.12%，GC含量为35%。通过MaSuRCA进行基因组初步组装，得到基因组大小为964.81 Mb。获得牛膝基因组大小等信息，研究结果为后续牛膝全基因组精细图谱的绘制、开发鉴定牛膝种质和性状定位的SSR分子标记提供一定的理论基础。

• 单位
  生命科学学院; 福建农林大学