基于RNA-Seq技术的乒乓菊转录组分析

作者：周琳; 蔡友铭; 张永春^*; 杨柳燕; 姚建军; 薛建平; 叶燕萍; 席祖路; 于忠正

来源：分子植物育种, 2020, 18(18): 5917-5924.

DOI：10.13271/j.mpb.018.005917

• 乒乓菊
• 转录组
• 生物信息学分析
• 分子标记

为开展乒乓菊基因功能分析、表型差异、分子标记开发和遗传多样性等研究,本试验以‘绿乒乓’和‘粉乒乓’的花朵和叶片混合样品为试验材料,通过转录组测序分析,经de novo组装后获得133 200条Unigenes,进一步利用6大公共数据库对其进行注释,共注释64 601条Unigenes,并基于转录组数据开展SSR和SNP位点预测。结果表明:有25 462条Unigenes参与了KEGG代谢通路,包括与花色、花期和药用成分代谢等相关的途径;共预测到1 444个转录因子,分属于35个家族,包括在植物的生长发育、生物合成、抗非生物和生物胁迫等方面发挥重要作用的AP2/ERF、C2C2、bHLH、WRKY等转录因子家族,以及LBD、MADS和TCP等与花色素苷代谢、花和根系发育、植物进化和发育密切相关的转录因子家族。此外,从13 014条Unigenes序列中搜索到14 905个SSR位点;并分别从‘绿乒乓’和‘粉乒乓’中挖掘到1 081 925个和1 077 818个SNP位点。本研究可为乒乓菊功能基因挖掘和分子标记开发提供基础。

• 单位
  上海市农业科学院