刨花润楠SSR-PCR体系优化及天然种群遗传多样性研究

作者：朱芹; 李培; 周鹏; 张俊杰; 阙青敏; 惠文凯; 陈晓阳^*

来源：林业科学研究, 2019, 32(04): 70-78.

DOI：10.13275/j.cnki.lykxyj.2019.04.010

• 刨花润楠
• SSR-PCR
• 体系优化
• 种群
• 遗传多样性

[目的]建立刨花润楠SSR-PCR最佳反应体系,从樟科树种SSR引物中筛选多态性高的引物,并对刨花润楠遗传多样性进行分析。[方法]对影响PCR反应体系的5个因素设置7个水平,利用正交设计L16(45)进行优化,确定最佳体系,并用该体系从187对候选引物中进行引物筛选。利用软件POPGENE1.32、PowerMarkerv3.25、FSTAT、GenAlex6.5、Structure2.3和POPTREE分别计算观测等位基因数目(Na)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性信息量(PIC)、基因流(Nm),进行群体遗传结构分析和UPGMA法聚类分析。[结果]刨花润楠最佳体系(20μL)为:Taq酶1.0 U、dNTPs 0.25 mmol·L-1、Mg2+ 1.25 mmol·L-1、引物0.5μmol·L-1、模板50 ng。最终筛选出12对具有多态性高的SSR引物。Na、Ho、He和PIC的平均值分别为15.083、0.576、0.751和0.722,表明种群具有较丰富的遗传多样性;Nm平均值为1.500,种群间存在频繁的基因交流;UPGMA将24个种源聚为3类,与Structure分析结果一致。[结论]本研究成功优化了刨花润楠SSR-PCR反应体系,并获得12对适用于刨花润楠的SSR引物,刨花润楠种群遗传多样性丰富,种群间存在频繁的基因交流,24个种源可聚为3类。

• 单位
  北京林业大学; 亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室; 生命科学学院; 广东省森林植物种质创新与利用重点实验室; 华南农业大学; 嘉应学院