浙江省首次分离基孔肯雅病毒全基因序列特征分析

作者：周冬根^*; 罗洁

来源：中国国境卫生检疫杂志, 2018, 41(06): 391-395.

DOI：10.16408/j.1004-9770.2018.06.001

• 输入
• 基孔肯雅病毒
• 全基因组
• 重组
• 基序

目的测定浙江省首例输入性基孔肯雅病毒的全序列,分析其基因特征。方法用RT-PCR法扩增2012年分离于中国浙江输入性发热病例样本的基孔肯雅病毒CHIKV-JC2012株的全基因序列,用遗传距离法构建系统进化树,用基因重组分析该毒株的基因组织形式。结果 CHIKV-JC2012株的基因组(包含部分5′UTR)长度为11 889 nt,编码3 718个氨基酸,分布于两个独立的开放阅读框,两者之间有71 nt是不翻译的连接区。在结构基因区,CHIKVJC2012株与其他基孔肯雅病毒株的核苷酸和氨基酸同源性均在80%以上;而在非结构基因区,序列及长度与其他基孔肯雅病毒株同源性均较低,但其中部分区段形成高度保守的茎环(stem-loop)二级结构,且发现多个保守的基序(motif)位于茎环结构的环部分。系统进化分析显示CHIKV-JC2012与0706aTw株同源性最高,同属于Asian基因型;组成ECSA基因型的毒株形成3个进化分支。基因重组分析显示CHIKV-JC2012基因重组现象并不明显。结论浙江首例输入性基孔肯雅病毒基因组织形式与其他毒株基本一致,未发现基因重组现象。