高低产蛋鸡产蛋后期卵巢组织差异表达基因筛选及其功能分析

作者：陈林; 王家乡; 吴艳^*; 皮劲松; 蒲跃进^*

来源：中国畜牧杂志, 2023, 1-14.

DOI：10.19556/j.0258-7033.20230726-03

• RNA-seq
• 高低产蛋鸡
• 卵巢组织
• 差异表达基因

本文采用转录组测序技术和生物信息学分析的方法对高低产蛋鸡卵巢组织差异表达基因进行筛选，得到了调控产蛋量的潜在候选基因并对其生物学功能进行分析，探究其在卵巢及卵泡发育过程中的作用。本研究共以3只高产蛋鸡和3只低产蛋鸡卵巢组织为试验对象，以转录组测序技术分析2种蛋鸡卵巢组织中的基因表达情况，采用GO Term和KEGG Pathway方法对筛选得到的差异表达基因进行功能分析。结果发现，在高低产蛋鸡卵巢组织样本中平均获得1.07×108个Clean Reads，其中比对到参考基因组上的Clean Reads约占93%。与低产蛋鸡卵巢组织相比，高产蛋鸡卵巢组织共有125个显著差异表达基因，其中101个基因显著上调和24个基因显著下调。GO Term分析发现，差异表达基因主要富集在生长、细胞组织成分、细胞组成部分或生物合成以及细胞外基质结构成分等过程；KEGG通路主要富集在焦点粘着、细胞外基质受体相互作用、转化生长因子-β信号通路等途径。对基因表达水平进行综合分析发现，高产蛋鸡卵巢组织中上调基因VCAN、VIPR2、DCN、COL6A2、COL6A1、RELN、FN1、ADAMTS1、COL3A1基因在卵泡细胞的细胞外基质形成和细胞连接过程中发挥作用，推测这些基因可能在蛋鸡卵巢发育及卵泡选择方面具有调控作用。本研究为分析产蛋后期高低产蛋鸡卵巢组织功能差异及卵泡发育机制提供了新的理论参考。

• 单位
  湖北省农业科学院畜牧兽医研究所; 长江大学; 动物科学学院