两种茶树全基因组数据的密码子偏好性比较分析

作者：王占军^*; 李豹; 姜行舟; 欧祖兰; 徐忠东; 代欢欢

来源：中国细胞生物学学报, 2018, 40(12): 2028-2039.

• 茶树
• 全基因组
• 密码子偏好性
• 异源表达

研究密码子偏好性有利于提高两种茶树外源基因表达水平及探讨遗传进化规律。该研究综合运用CodonW 1.4.2、SPSS 22.0软件以及Perl、Python语言,系统分析两种茶树基因组CDS序列,从而得出密码子偏好模式和高频密码子,明确密码子使用的变异来源。结果表明:两种茶树基因组的密码子偏好性主要受突变压力影响,在一定程度上也受到自然选择等因素的影响;两种茶树基因组倾向于使用以A/T结尾的密码子,且它们在密码子使用模式上具有较高的相似性;"云抗10号"（Camellia sinensis var. assamica, CSA）茶树基因的异源表达受体优先选择拟南芥、毛果杨和烟草,"舒茶早"（Camellia sinensis var. assmica, CSS）茶树基因的异源表达受体首选毛果杨。上述结果为分析两种茶树的进化规律、提高它们基因组中的基因异源表达效率提供了重要依据。

• 单位
  生命科学学院; 合肥师范学院