环状RNAs翻译功能研究方法的建立

作者：李哲; 肖丙秀^*

来源：中国细胞生物学学报, 2021, 43(05): 1021-1028.

• 环状RNAs
• 翻译
• 生物学功能
• 实验技术

环状RNAs(circular RNAs,circRNAs)翻译功能的发现改变了circRNAs作为非编码RNA的传统认识,研究circRNAs的翻译功能是circRNAs生物学功能研究领域中的一个新方向。该文旨在建立一种circRNAs翻译功能的研究方法。该研究基于胃癌患者癌组织和血浆circRNAs芯片检测结果,筛选同步变化的circRNAs,利用开放阅读框查找器(open reading frame finder,ORF finder)和编码潜力评估工具(coding-potential assessment tool,CPAT)分别检测上述circRNAs是否存在开放阅读框架(open reading frame,ORF)和翻译的可行性;随后使用内部核糖体进入位点查找器(internal ribosome entry site finder,IRES finder)和circRNADb数据库分析circRNAs是否存在内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES),进而采用基于序列特征的多物种m6A强大预测(robust prediction of N6-methyladenosine sites with sequence-based features in multiple species,M6AMRFS)和基于序列的RNA腺苷甲基化位点预测器(sequence-based RNA adenosine methylation site predictor,SRAMP)等工具筛选circRNAs是否含有m6A修饰位点;最后通过交集分析,筛选出可能具有翻译功能的circRNAs。结果显示,7种circRNAs可能具有翻译功能,其中hsacirc0001479同时具有IRES和m6A介导的翻译功能;hsacirc0001278、hsacirc0001439和hsacirc0000220可能通过IRES介导翻译,而hsacirc0001017、hsacirc0008351和hsacirc0004406可能通过m6A介导翻译。该研究为探讨circRNAs是否具有翻译功能提供了参考依据,对所选择的分析方法的可行性通过构建过表达质粒和Western blot加以验证。结果表明,该研究建立了一套具有可行性的circRNAs翻译功能研究方法。

• 单位
  宁波大学