基于转录组测序的高原鼢鼠多态性微卫星标记筛选

作者：刘倩倩; 谭宇尘; 姚宝辉; 康宇坤; 苏军虎^*

来源：草业科学, 2021, 38(12): 2481-2489.

• 高原鼢鼠
• 啮齿动物
• 转录组
• 微卫星
• 多态性
• 分子标记
• 筛选

利用第二代高通量测序技术对高原鼢鼠(Eospalax baileyi)大脑组织进行转录组测序,筛选微卫星标记,分析其组成与特征,并检验其多态性,为高原鼢鼠微卫星标记的开发及后续研究等奠定基础。结果发现:在获得的29 090个微卫星标记中单核苷酸重复A/T是重复次数最多的类型(54.31%),其次为二碱基重复CA/TG (10.46%),其他碱基重复类型仅占16.79%。随机选取104个微卫星位点进行引物设计,发现有43个位点扩增成功。12个多态性位点经毛细管电泳检测发现,等位基因数为3～12个,观测杂合度(Ho)为0.263～0.937,平均值为0.651,期望杂合度(He)为0.285～0.844,平均值为0.600。使用Bonferroni校正后,有2个微卫星位点显著偏离哈迪–温伯格平衡(P <0.01),10个微卫星位点未观察到显著的连锁不平衡(P> 0.01)。多态信息含量(PIC)在0.251～0.816,全部为中度多态性(0.250 0.500)。这些微卫星标记为高原鼢鼠的亲权关系鉴定、种群遗传学等研究提供了基础数据。

• 单位
  甘肃农业大学; 草地农业生态系统国家重点实验室