乡村治理的核心是乡村社会。新疆南部地区少数民族乡村治理存在"流动困境""公共性困境""治理主体的结构困境"以及"治理创新的困境"等问题,其原因主要来自乡村社会本身。因此,本文立足于新疆南部少数民族乡村社会的现实基础,针对乡村治理的困境,提出在保持社会内部团结的基础上创造社会外部链接,实现传统社会关系的现代转型、发展社会组织、畅通社会力量参与途径,同时面对特殊又复杂的社会环境要在党的强领导和政府的强作为下多方参与,稳步推进共建共治共享的社会治理体系的实现。