浦市黑猪保种群体基于SNP芯片的遗传结构分析

作者：邓缘; 崔清明; 陈四海; 左剑波; 刘莹莹; 朱吉; 任慧波; 胡雄贵; 李华丽; 喻国均; 陈晨^*; 彭英林^*

来源：福建农业学报, 2023, 38(11): 1312-1320.

DOI：10.19303/j.issn.1008-0384.2023.11.007

• 浦市黑猪
• 保种群体
• SNP芯片
• 遗传多样性
• 亲缘关系

【目的】通过SNP芯片技术分析浦市黑猪群体遗传多样性和家系结构，为保护和利用浦市黑猪资源提供支撑。【方法】利用“中芯一号”50K SNP芯片，对79头成年浦市黑猪（10头公猪、69头母猪）进行SNP测定，采用多种分析软件（Plink、 Gmatix及Mega X）对群体遗传多样性和亲缘关系开展分析，进而构建群体家系结构。【结果】在79头浦市黑猪中共检出57 466个SNPs位点，平均基因型检出率为99.15%。遗传多样性分析提示SNP位点具有多态性，群体存在近交（有效群体含量Ne仅为1.5，且平均观察杂合度<平均期望杂合度）。群体平均状态同源（Idengtical by state,IBS）遗传距离为（0.294 9±0.072 6），公猪为（0.277 1±0.091 8），共检测到长纯合片段（Runs of hemozygosity,ROH）(29.60±16.12)个，其中长度在0～100 Mb的占40.5%，且群体基于ROH的平均近交系数为0.108。IBS距离矩阵、G矩阵结果以及群体ROH值的分析结果均反映出群体内个体之间存在较近的亲缘关系。根据群体进化树结果，将群体划分成2个含公猪的家系，以及1个不含公猪的家系。【结论】浦市黑猪群体家系少，各家系的个体数量差异大，近交程度高。因此，应注重引入或创建新的血统，扩大有效群体含量，降低近交系数。

• 单位
  湖南省畜牧兽医研究所